Založením kostela na půdorysu ve tvaru kříže vznikl vnitřní prodloužený centrální prostor, kde se v křížení nachází presbyterium s oltářem a lavice jsou pak k němu uspořádány ze tří stran. Tento liturgický středobod kostela je navenek i dovnitř zdůrazněn zlatým světelným prstencem, díky kterému má chrám v interiéru zcela mimořádnou světelnou atmosféru, na které je celá jeho koncepce založena.

Světelný prstenec, přinášející faktické i významové světlo je symbolem Trnové koruny, odkazem kupolí nad křížením lodí křesťanských chrámů, otevřenou branou k nebesům, k Nebeskému Jeruzalému. Ke světelné atmosféře také přispívá strop lodi levitující nad pásem prosklení a rozměrné vitrážové okno. V oblém závěru se nachází kaple Nejsvětější Svátosti ve tvaru válce s horizontálními otvory, které se šroubovicově vytrácí směrem vzhůru a symbolizují tak cestu k Bohu.

V interiéru dále zaujme liturgické vybavení s unikátním skleněným křížem a celoskleněné dveře vstupních portálů. Pro modulaci akustiky prostoru jsou v interiéru realizovány akustické prvky ve formě svislých pruhů na stěnách, textilních obkladů a žebrování stropu a závěru kůru. Akustice prostoru byla věnována velká pozornost již od prvních návrhů stavby s ohledem na to, že na kůru budou instalovány varhany.